Четвёртый Хвост
Впервые четвёртый хвост появляется за кадром во время тренировки, когда Дзирайя утверждает, что был тяжело ранен потерявшим самоконтроль Наруто. Также он добавляет, что появление четвёртого хвоста очень разрушительно действует на организм Наруто — чакра демона смешивается с кровью Наруто, создавая из него существо, подобное миниатюрному Девятихвостому, но только с четырьмя хвостами. Во второй раз четвёртый хвост появляется в битве с Оротимару. После упоминания о Саскэ и последующих провокаций Наруто начинает злиться, отчего ослабевает сила печати, сковывающей демона, и у Наруто появляется три хвоста, а затем, после полной потери самоконтроля — и четвёртый. В этом состоянии Наруто неуязвим для меча Кусанаги, его атака концентрированной чакрой чуть не убивает Оротимару и разрушает его технику Тройных врат Демонов. Сакура, которую он задел одним из хвостов, долго не может залечить раненое плечо. Впоследствии бой заканчивается, Ямато приводит Наруто в нормальное состояние, но после возвращения Наруто нормального облика, обнаруживаются многочисленные раны (после появления четвёртого хвоста полностью сдирается кожный покров тела). Возможно что не случайно именно четвёртый хвост может нанести такой большой вред. Число 4 — азиатский аналог нашего «несчастливого» числа 13. Четверка считается настолько неудачной, что во многих больницах Китая и Японии нет ни этажа, ни комнат с таким номером. Поскольку 4 (し — си) похож по созвучанию со японским словом смерть.

Битва с Пейном
Когда Наруто возвратился с горы Мёбокузан в Коноху, та уже была разрушена. Прибыв в деревню, он начал схватку с Пейном. В битве с ним Наруто с легкостью побеждает сферу демона и сферу голодных призраков, а также 3-х призванных Пейном существ, показав свою новую технику Техника Жабьего отшельника : Гигантский Расэнган. Затем Уничтожает огромным Расэнган-сюрикеном ещё сферу людей и двойным Расэнганом сферу животных, после чего исчезают все призванные существа, после которого выходит из Сэннин Мудо, не убив только 2 тела: тело Яхико (сфера Бога), ученика Дзирайи и ещё одно тело (сфера ада). Когда чакра заканчивается, Пейн пронзает своим чёрным мечом обе руки Наруто, таким образом обезвреживая его. Отец Ино догадывается, где может находиться настоящий Пейн — на горе рядом с деревней, откуда просто посылать и принимать сигналы чакры. Пейн разговаривает с Наруто. Выясняется что правосудие, которое Пейн направил на деревню, равноценно тому, которое Наруто хочет направить на Пейна. Он рассказывает о том, что великие страны, при участии Страны Огня и Конохи использовали его страну для сражений, превратив её в руины, а сами укрепились и стабилизировались. Это — одно из составных частей бесконечного цикла ненависти, который управляет миром синоби. Пейн говорит о своей цели создать супероружие. Позже показано тело Нагато. Он сильно истощён и передвигается в странном кресле на колёсах. Он также использовал слишком много чакры. Вскоре после этого Хината, признавшись Наруто в любви, нападает на тело Яхико, но терпит поражение. Наруто переполнен самыми страшными эмоциями, что когда либо чувствовал, и они пробуждают страшную силу — у Наруто высвобождается шесть хвостов. При этом из чакры Девятихвостого начинает формироваться скелет Лиса. Далее Наруто уже собирался сорвать печать окончательно, но его остановил Четвёртый Хокаге, который поместил свой образ в подсознание Наруто когда запечатал лиса, чтобы в случае, если печать будет под угрозой срыва, он смог остановить это. Четвёртый рассказал Наруто, что он его отец, что запечатал лиса в своем сыне потому что верил, что тот сможет её использовать, а также потому что в тот день, когда лис напал на Коноху он видел синоби, который управлял им. Этот синоби — это член Акацуки, который все время носит маску. После этого Минато восстановил печать, однако сказал, что это в последний раз. После этого Пейн увидел, как Лис исчез, а вместо него появился Наруто в режиме отшельника. Он хочет найти настоящего Нагато, чтобы поговорить, поэтому прокалывает плечо чёрным мечом Пейна и таким образом видит его настоящее тело. Создав 2 Расенган-Сюрикена, 1-й Пейн останавливает своей техникой Cинра Тенсей, а от второго он смог просто увернутся. Наруто, спеша нанести фатальный удар до того как Пейн снова использует технику Cинра Тенсей (интервал этой техники 5 секунд), создаёт Массовое Теневое Клонирование, и всей кучей нападает на Пейна, но тот снова исполняет Cинра Тенсей и все клоны исчезают, тут Наруто создаёт обычный Расэнган и им поражает Пейна. Этой фатальной атакой он убивает Пейна, и с помощью приёмников чакры в его теле, Наруто узнаёт местонахождение Нагато и спешит туда, чтобы поговорить с ним. Он находит Конан и Нагато в укрытии, в форме дерева. Нагато показывает Наруто, как он убил Дзирайю, а также свою первую боль, которую он испытал в мире, и появление риннегана. После рассказывает Наруто о том как он познакомился с Конан и Яхико. Затем Нагато ждёт ответа Наруто и тот отвечает, что он будет верить в то, во что верил Дзирайя и он отказывается убивать Нагато. Ответ Наруто - никогда не сдаваться и найти мир - это слова, написанные в книги Дзирайи "Легенда о бесстрашном ниндзя". Выясняется, что образ главного героя книги и его слова Дзирайя написал с Нагато, когда тот был в возрасте Наруто, и Наруто фактически перенял мечты Нагато, и даже был назван в честь него: имя главного героя книги было Наруто (Дзирайя придумал его, когда ел рамен, одним из компонентов блюда были спиральки "наруто"), Дзирайя видимо не хотел вписывать в книгу настоящее имя Нагато и поменял в нём две буквы. Родителям Наруто так понравилась книга и её главный герой, что они захотели, чтобы и их сын был на него похож, и дали ему имя главного героя книги. Нагато вспоминает свои мечты и верит, что Наруто это тот человек, который способен их воплотить в жизнь, и ценой своей жизни исполняет технику, которая оживляет всех людей в Конохе которых он убил, в том числе и Какаси. Конан пообещала Наруто поддержку Амекугаре и, подарив напоследок букет бумажных цветов, покинула Коноху, захватив тела Нагато и Яхико.

Какаши донес до деревни падающего с ног от усталости Наруто, встречать которого вышли все жители. В это время Дандзо провел экстренное заседание Совета деревни, на котором Тсунаде была смещена с должности, а он сам назначен Шестым Хокаге. Вскоре прибывают посланники Райкаге, выслушав которых Дандзо издал приказ уничтожить Саске. После этого Наруто встречается с командой облака,между ними возникает стычка. Наруто впоследствии избит Каруи, по собственному согласию. Однако Наруто не сдается и следует за избившей его командой, вместе с Какаши и Ямато, чтобы встретить Райкаге и убедить его в том, что не следует убивать Саске. Райкаге отвечает Наруто отказом. Тем временем пятеро каге собираются держать совет, в пути на Данзо нападают и выясняется, что Данзо обладает сяринганом. За Данзо охотится команда Саске, но они решили убить его после совета каге, чтобы не вызвать подозрений его отсутствием на совете. Каге таки собрались и начали держать совет. Было принято решение создать Альянс Пяти Деревень в борьбе с Акацуки. В ходе которого разгорелись множественные споры между каге. Но внезапно совет прерывает Зетсу и говорит, что рядом находится Саске.

Техники

Хэнгэ но Дзюцу (яп. 変化の術 Превращение?) — ниндзюцу уровня E — пользователь временно перевоплощается в рассматриваемый или хорошо заученный живой объект сходных размеров. По-видимому, главный источник хулиганских выходок Наруто в Академии, так как знает он её просто великолепно, а при подпитке чакрой Демона-Лиса может держать довольно продолжительное время. Эта техника очень часто применяется Наруто в сочетании с Кагэ Бунсин в разведывательных операциях.
Бунсин но Дзюцу (яп. 分身の術 Клонирование?) — гэндзюцу уровня E — создается один иллюзорный клон, неспособный к физическому воздействию. Выпускная техника в Академии Ниндзя. В начале сериала Наруто не был способен нормально осуществить даже такую простую технику, возможно, в силу отсутствия способностей к гэндзюцу, а после изучения Кагэ Бунсин в ней и вовсе отпала всякая надобность.
Каварими но Дзюцу (яп. 変わり身の術 Подмена Тела?) — ниндзюцу уровня E — пользователь быстро меняется местами с подходящим предметом сходных размеров во избежание неожиданной прямой атаки противника. Благодаря помощи друзей либо скорости и выносливости Демона-Лиса Наруто крайне редко попадает в столь трудные ситуации.

Продвинутые техники
Ойрокэ но Дзюцу (яп. おいろけの術 Соблазнение?) — ниндзюцу — техника, которую, немного переделав Хэнгэ, изобрел Наруто. В результате Наруто превращается в красивую обнаженную блондинистую девушку с отметинами в виде лисьих усов на щеках, чем деморализует противника мужского пола, и особенно качественно работает на Дзирайе. Гетеро-зависимые варианты: женский «Ойрокэ: Онна но Ко Дёси но Дзюцу», мужской «Отоко но Ко Дёси но Дзюцу».

Кай (Снятие) — техника развеивания гендзюцу. Впервые использовал её, пытаясь развеять технику иллюзий Итати.

Взбирание на деревья — необходимо направить поток чакры к ногам, удерживая его стабильность. Благодаря этому можно ходить по твердым предметам. Хорошее упражнение для развития контроля чакры.

Хождение по воде — смысл тот же, что и в хождении по деревьям, однако, поскольку вода — неустойчивая поверхность, нужно варьировать ритм выброса энергии. Является более сложным, чем взбирания на деревья
Совместная с Гамабунтой атака маслом и взрывной этикеткой, которая поджигает масло, создавая огромную огненную струю (Катон: Гамайю Эндан (Элемент Огня: Жабья Пушка)

Тобидогу — Техника запечатывания оружия в свитки. Впервые показана, когда Наруто использует запечатанное оружие, пытаясь атаковать Сасори огромным сюрикеном.

Особые техники
Кутиёсэ но Дзюцу (яп. 口寄せの術 Призыв?) — пространственно-временное ниндзюцу — если ниндзя заранее подписал контракт с каким-либо видом тотемных животных, то может призвать их представителя с помощью печатей и небольшого количества собственной крови. Наруто, как и его отец, Минато Намикадзэ, подписал контракт с жабьим кланом Гама.

Комби Хэнгэ но Дзюцу (яп. コンビ変化の術 Комбинированное превращение?) — ниндзюцу — соединяет два существа в одно — один обычно является источником чакры, другой делает необходимые печати. Наруто применяет технику совместно с Гамабунтой для образования почти настоящего Девятихвостого Лиса приличных размеров.

Кагэ Бунсин но Дзюцу (яп. 影分身の術 Теневое клонирование?) — ниндзюцу уровня B — в зависимости от имеющегося количества чакры, создает большее или меньшее количество теневых клонов. Техника считается опасной (особенно в руках обладателя безграничной чакры), так как клоны неиллюзорны (обладают реальными телами), зрительно неотличимы от оригинала и могут передавать ему свой опыт, а также пользоваться ручными печатями, хотя их выносливость не очень велика — чакра разделяется поровну между всеми клонами (и, вероятно, при сокращении количества клонов не перераспределяется). Обычно ниндзя рангом ниже дзёнина не могут использовать эту технику. Если клона ранят, он исчезает.

Харему но Дзюцу (яп. ハーレムの術 Соблазнение гаремом?) — убойная комбинация из Тадзю Кагэ Бунсин и Ойрокэ, также изобретенная Наруто — сначала создаются несколько теневых клонов, затем все одновременно превращаются в девушек и мощно обжимают противника мужского пола, нанося ему урон неудержимой носовой кровопотерей.

Тадзю Кагэ Бунсин но Дзюцу (яп. 多重影分身の術 Теневое мультиклонирование?) — ниндзюцу уровня B или A (усовершенствованное Кагэ Бунсин) — создает несколько тысяч теневых клонов. Техника считается опасной (особенно в руках обладателя безграничной чакры). Очевидно, Наруто инстинктивно овладел ей в совершенстве, так как после их создания практически не устаёт и легко контролирует сколько их должно появиться. Обычно ниндзя рангом ниже дзёнина и не обладающие большим количеством чакры не могут использовать эту технику.

Использование природной чакры воздуха — Наруто способен, концентрируя чакру воздуха в руке, резать ею различные предметы, начиная от листа с дерева, и заканчивая огромным водопадом. Также он умеет пропускать чакру воздуха через кунай, что делает оружие острым и прочным, способным резать металл и пробивать насквозь камень.

Расэнган (яп. 螺旋丸 Расэнган?) — одна из сильнейших техник Наруто, класс А. Сначала синоби концентрирует чакру у себя на ладони в виде сферы, после чего закручивает её с огромной скоростью, при этом сохраняя идеальную сферическую форму чакры, из-за чего это дзюцу может пробить практически любую защиту, так как касается её лишь одной точкой. При использовании этого ниндзюцу достигается предельная точность и концентрация чакры. Недостатком этой техники является недостаточная гибкость в борьбе против ловких врагов, как это было продемонстрировано в борьбе Наруто с Кабуто. Наруто не способен создавать Расэнган одной рукой, поэтому для фокусирования потоков чакры он использует клона. В режиме отшельника для этого ему клон не требуется. Расэнган был разработан Четвёртым хокагэ, но завершить технику он не успел. Четвёртый планировал включить дополнительно в Расэнган элемент своей чакры, в дальнейшем Наруто завершил это дзюцу, создав Расэнган-сюрикен.

О:дама Расэнган (яп. 大玉螺旋丸 Огромный Расэнган?) — усовершенствованный и увеличившийся в размерах Расэнган. Недостатком этой техники, как и Расэнгана, является недостаточная гибкость в борьбе против ловких врагов.

Удзумаки Наруто Рэндан (яп. うずまきナルト連弾 Комбо Удзумаки Наруто?) — Наруто создает 5 клонов, окружает соперника, одного клона ставит ближе к себе. Этот клон первым бьёт противника, и пока настоящий Наруто прыгает в воздух, остальные взбивают подлетевшего после 1-ого удара соперника в воздух, и настоящий Наруто завершает комбинацию крепким ударом ногой вниз, вдобавок концентрируя чакру в ударе.

Удзумаки Наруто Нисэн Рэндан (яп. うずまきナルト二千連弾 2000-кратное комбо Удзумаки Наруто?) — Наруто создаёт 1999 клонов, которые проводят двухфазовое комбо. Первая фаза — облако сюрикенов, когда каждый клон кидает по сюрикену. Вторая фаза — комбо из 2000 ударов. Клоны наносят 1998 ударов, а настоящий Наруто и ещё один клон — допинывают.

Фу:тон Расэнган (яп. 風遁・螺旋手裏剣 Расэнган ветра?) — незаконченная версия Расэнган-сюрикена. Была показана один раз — при совмещении с водной техникой Ямато во время битвы с Какузу Ямато и Наруто создают технику Штормовой Водоворот.

Фу:тон Расэнсюрикен (яп. 風遁・螺旋手裏剣 Расэнган-сюрикен?) — техника класса S. Завершенная версия Расэнгана с добавлением стихии ветра, наносит огромные повреждения противнику посредством микроскопических ветроэлементных игл. Дзюцу действует на клеточном уровне, разрывая органы врага и его каналы чакры. Однако, практически то же самое происходит и с рукой Наруто, когда он держит в ней Фуутон Расэнсюрикен, поэтому Цунадэ запретила ему использовать это дзюцу, иначе может дойти до того, что Наруто никогда не сможет использовать чакру. После третьего за бой использования этой техники, стало ясно, что она вредит руке Наруто настолько, что если он продолжит её использовать, то лишится возможности манипулировать чакрой. Поэтому Цунадэ объявила эту технику запретной. Но Наруто может использовать Футон расэнсюрикен в режиме отшельника и возможно, что в этом режиме оно не наносит урона каналам чакры. В режиме отшельника Наруто может кидать Расэнган-Сюрикен, увеличивающийся в размерах. От такого вида Расэнгана тело Наруто не страдает. Тем не менее, даже в  режиме отшельника, он требует огромного количества чакры и концентрации.

Фу:тон Гоукуухоу (яп. 風遁・螺旋手裏剣 Элемент ветра: Жабий водяной пистолет?) — Комбинированая техника, с Гаматацу. Гаматацу использует чакру воды а Наруто элемент ветра. Тем самым получив разрушительный выстрел из воды. Существует только в аниме, в манге такой техники нет.

Фу:тон Гамайу Эндан Элемент ветра: Жабьи Огненные Бомбы - Комбинированная техника, с Гамакичи и Гамататсу. Тот же Водяной пистолет, только вместо воды Гаматацу использует масло,Наруто добавляет элемент ветра, а Гамакити добавляет стихию огня. Получается разрушительный выстрел из огня и масла.В манге данной техники нет.

Сеннин Мудо (яп. 仙人モード Режим отшельника) — результат использования Сендзюцу, природной чакры вместо собственной. Значительно усиливает физические характеристики, такие как сила и выносливость. В режиме отшельника у Наруто жабьи глаза. Позволяет ощущать чужую чакру и использовать свою в виде физических атак.

Сэнпо: О:дама Расэнган (яп. 仙法・大玉螺旋丸 Техника жабьего отшельника : гигантский расенган) — Будучи в режиме отшельника Наруто может использовать расенган из чакры природы размером с Гамабунту, что позволяет легко поражать призваных зверей.

Cенпо: Расэнрэнган (яп. 仙術・螺旋連丸 Техника жабьего отшельника: двойной расэнган) — Наруто создаёт расэнганы в обоих руках, и мгновенно поражает им противника.